植物基因轉錄起始頻率分析

利用UniGene數據庫轉錄本序列數據,通過生物信息學方法,對已有全長mRNA序列數據的基因進行其轉錄本5'端序列的比對,獲得該基因編碼區(qū)前所有轉錄本的啟始位點信息.通過7種植物17437個基因的分析表明,植物基因平均在171 bp(mRNA水平上)或174 bp(基因組水平上)的區(qū)間內轉錄啟始,轉錄頻率分布基本呈正態(tài)分布.為此我們研發(fā)了基因轉錄啟始頻率分析程序包PIFMaker,并基于以上分析獲得的數據,建立了植物基因轉錄頻率數據庫(PIFdb,http://ibi.zju.edu.cn/bioinplant/).本研究分析基于該數據庫第2版(Release 2.0)的數據.

作 者： 張揚 徐國華 樊龍江 ZHANG Yang XU Guo-hua FAN Long-jiang   作者單位： 張揚,ZHANG Yang(浙江大學IBM生物計算實驗室,浙江,杭州,310029)

徐國華,XU Guo-hua(浙江大學,作物科學研究所,浙江,杭州,310029)

樊龍江,FAN Long-jiang(浙江大學IBM生物計算實驗室,浙江,杭州,310029;浙江大學,作物科學研究所,浙江,杭州,310029) 

刊 名： 浙江大學學報（農業(yè)與生命科學版）  ISTIC PKU 英文刊名： JOURNAL OF ZHEJIANG UNIVERSITY(AGRICULTURE & LIFE SCIENCES)  年，卷(期)： 2006 32(2)  分類號： Q78  關鍵詞： 轉錄位點   轉錄起始頻率   UniGene   PIFdb   水稻   擬南芥  

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