k-長(zhǎng)DNA子序列頻數(shù)分布研究

在詳細(xì)闡述了生成DNA序列分形圖像的Hao方法后,提出一種能夠直觀顯示k-長(zhǎng)DNA子序列頻數(shù)分布差異性的三維頻數(shù)分布圖生成方法.把3D頻數(shù)分布圖轉(zhuǎn)化為1D對(duì)數(shù)頻譜圖,突出顯示了頻數(shù)分布的局部特征,提出k-長(zhǎng)DNA子序列頻數(shù)區(qū)劃分準(zhǔn)則,并詳細(xì)研究了甚高頻數(shù)區(qū)的n階零間隔現(xiàn)象,指出n階零間隔分布就是基因組進(jìn)化過(guò)程所留痕跡的假設(shè),并給出對(duì)數(shù)頻譜圖特征的生物學(xué)解釋.實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)許多DNA序列頻數(shù)概率分布近似服從非中心F分布,對(duì)于分布呈多峰現(xiàn)象的基因組序列,可采用多個(gè)非中心F分布的疊加來(lái)擬合.在比較非中心F分布與Gamma分布后,提出一種結(jié)合二者在擬合方面具有互補(bǔ)優(yōu)勢(shì)的新分布,實(shí)驗(yàn)證明這種新分布能夠更好地吻合實(shí)際DNA序列的頻數(shù)分布.最后研究了兩種特異出現(xiàn)頻數(shù)(最高出現(xiàn)頻數(shù)與出現(xiàn)頻數(shù)為1的k-長(zhǎng)子序列個(gè)數(shù))與k值的關(guān)系,發(fā)現(xiàn)不同物種的這兩種關(guān)系具有良好的一致性.

作 者：   作者單位：   刊 名： 生物物理學(xué)報(bào)  ISTIC PKU 英文刊名： ACTA BIOPHYSICA SINICA  年，卷(期)： 2006 22(3)  分類(lèi)號(hào)： Q5  關(guān)鍵詞： DNA序列   k-長(zhǎng)DNA子序列   三維頻數(shù)分布圖   非中心F分布   分形   n階零間隔  

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