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CVTree在454高通量測(cè)序分析菌群結(jié)構(gòu)中的應(yīng)用
目的 探究將基于短串頻度的CVTree方法用于反映菌群結(jié)構(gòu)的16S rRNA基因的454高通量測(cè)序數(shù)據(jù)分析的可行性,為快速分析高通量菌群結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)提供新的方法.方法 對(duì)一個(gè)四世同堂的中國(guó)家庭7名成員腸道菌群和不同基因型及飲食類型的小鼠腸道菌群用454高通量方法獲得16S rRNA基因的V3區(qū)的測(cè)序數(shù)據(jù),用CVTree的方法進(jìn)行菌群結(jié)構(gòu)的比較分析.結(jié)果 通過(guò)選取合適的短串長(zhǎng)度,CVTree的方法能準(zhǔn)確檢測(cè)到各樣本間的聚類關(guān)系,其結(jié)果與之前文獻(xiàn)報(bào)道的基于Unifrac算法的結(jié)果相一致.結(jié)論 CVTree能快速、有效地處理16S rRNA基因的454高通量測(cè)序數(shù)據(jù),實(shí)現(xiàn)對(duì)不同菌群結(jié)構(gòu)相似性的比較分析.
作 者： 華蔚穎 徐昭 張夢(mèng)暉 李旻 張晨虹 趙立平 作者單位： 華蔚穎,張夢(mèng)暉,李旻,張晨虹,趙立平(上海交通大學(xué)生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院,微生物分子生態(tài)與生態(tài)基因組學(xué)實(shí)驗(yàn)室,上海,200240)徐昭(復(fù)旦大學(xué),理論生命研究中心,上海,200433)
刊 名： 中國(guó)微生態(tài)學(xué)雜志 ISTIC 英文刊名： CHINESE JOURNAL OF MICROECOLOGY 年，卷(期)： 2010 22(4) 分類號(hào)： Q-31 關(guān)鍵詞： CVTree 454高通量測(cè)序 菌群結(jié)構(gòu)【CVTree在454高通量測(cè)序分析菌群結(jié)構(gòu)中的應(yīng)用】相關(guān)文章：
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